Děj se odehrává v apokalyptické budoucnosti během světové války.

Letadlo, které evakuovalo civilní obyvatelstvo z Anglie, se zřítilo na tropický ostrov. Zachránila se jen skupina chlapců ve věku od 6 do 12 let. První dvě postavy, se kterými se setkáme, jsou sportovně založený, sympatický Ralph a „Čunas“, tlustý chlapec s brýlemi, který má astma. Zatroubí na lasturu, aby přivolali ostatní přeživší. Společně se pak radí, kdo by se měl stát vůdcem. Zvolí Ralpha, přestože v úvahu připadal i Jack Merridew, který vedl školní sbor. Je zřejmé, že Ralphovi závidí. Ralph v něm vidí hrozbu, a proto jej ustanoví náčelníkem skupiny lovců (sboristů). Z Čuňase udělá svého zástupce, přestože ho ostatní hoši nemají rádi. Poté se Ralph, Jack a Simon vydají na průzkumnou výpravu. Objeví sele zapletené v liánách, Jack tasí nůž, ale zaváhá a sele uteče. Přísahá, že příště otálet nebude.

Hoši jsou z ostrova nadšení a těší se, jaká dobrodružství je čekají. Řada z nich se však bojí netvora, nebezpečného divokého tvora, kterého údajně zahlédl jeden z mladších chlapců se znamínkem na tváři. Pomocí Čuňasových brýlí rozdělají signální oheň, který se vymkne kontrole a spálí velkou část džungle. Během požáru se chlapec se znamínkem ztratí.

Přestože si chlapci slíbili, že se budou spravedlivě dělit o práci a pomáhat si, pro Ralpha je stále těžší přinutit je, aby každý dělal to, co má. Život na ostrově začne postupně upadat. Mezi Jackem a Ralphem rostou neshody. Situace se vyhrotí v okamžiku, když Ralph obviní Jacka, že zmařil možnost záchrany: odvedl totiž na lov dvojčata Sama a Erika („Samerik“), kteří se měli starat o oheň, a tak loď na obzoru nemohla zachytit signální kouř. Následuje ostrá hádka, během které se rozbije jedno sklo Čuňasových brýlí.

Nad ostrovem dojde k přestřelce mezi dvěma letadly. Jeden z pilotů se katapultuje, ale zemře před nebo při přistání. Sam a Erik vyvolají paniku, protože potmě zahlédli jeho mrtvé tělo a spletli si ho s netvorem. Ralph, Jack a Roger, jeden ze sboristů, si to chtějí ověřit, a proto se vydají mrtvolu hledat. Uvidí siluetu padáku, se kterou škube vítr, a s hrůzou utečou v domnění, že to jsou netvorova křídla. Jack prohlásí Ralpha za zbabělce a požaduje novou volbu vůdce. Nedostane ale žádný hlas, a proto skupinu opustí. Založí nový kmen, kam se postupně přidá většina starších chlapců.

Nový kmen se věnuje hlavně lovu prasat. V džungli připraví netvorovi oběť, prasečí hlavu nabodnutou na kůl, kterou později objeví Simon. Děsivá hlava obsypaná mouchami v jeho halucinacích ožívá jako „Pán much“ a předznamenává jeho osud: Simon objeví mrtvého pilota a běží to povědět chlapcům, ti jsou však zfanatizovaní Jackovým válečným tancem, a proto jej považují za netvora a roztrhají.

Jackův kmen klesá až na samou hranici divošství. Napadnou Ralphův tábor a podaří se jim získat i Čuňasovy brýle, které potřebují k rozdělání ohně. Když je Čuňas požaduje nazpět, Roger na něj svalí balvan a zabije ho. Jackův kmen pak unese Sama a Erika – poslední přívržence Ralpha mezi staršími chlapci – a přinutí je připojit se k nim. Jack se Ralpha pokusí zabít, ale neuspěje a další den na něj uspořádá hon. Ralph se ukryje v husté spleti lián, a proto Jack založí v džungli požár. Dým spatří projíždějící loď – chlapci jsou konečně zachráněni. Ralph oplakává ztrátu přítele Čuňase a úplnou ztrátu dětské nevinnosti.

Film Pán much je natočen podle knihy nositele Nobelovy ceny Williama Goldinga