Nepohodlný je příběh kombinující dobrodružství, politické machinace a emoce. Využití farmaceutického průmyslu bylo jen jednou ze tří možností, kterými chtěl režisér Fernando Meirelles udat směr Nepohodlného. Další byla šance natáčet v Keni. Ale také je to v zásadě velmi originální milostný příběh; muž, který si vzal mladší ženu a teprve potom, co ona umírá, si uvědomuje, že ji opravdu miluje a vydává se jí opravdu poznat. "Podle mě jde o retrospektivní milostný vztah", uvádí Ralph Fiennes, který hraje titulní roli. "Ve filmu jsou dvě sobě rovné části. Na jedné straně jde o politický thriller o společenském přehmatu, přestoupení zákona a manipulaci. Na straně druhé jde o vztah mezi Justinem a Tessou Quayleovými. Justinova cesta nesleduje jen Tessinu práci, ale také zkoumá jejich vztah. Tento muž znovu objevuje a přehodnocuje poměr se svou ženou. Jde o znamenitou část příběhu, kdy je ten zdrženlivý milý muž přinucen čelit těžké pravdě o světě. Doufám že jej publikum uvidí jako laskavého průměrného člověka."

Rachel Weisz, která ztvárnila zavražděnou aktivistku Tessu Abbott Quayleovou, dodává: "Milostný příběh je s politickým thrillerem zcela propojen - jeden by nemohl být bez druhého, a to díky chytrosti románu Johna le Carrého a adaptaci Jeffreyho Cainea. Justin se díky své lásce k Tesse dostává na cestu plnou objevování, kde dosáhne nové vlastní úrovně znalosti, ale také odhalí obrovský politický skandál." Na první pohled se jeví Justin velmi pasivně. Je to civilizovaný britský gentleman, zdvořilý diplomat žijící jen zákony. Ve skutečnosti vlastně netuší co Tessa dělá; někdy by rád zasáhl, ale nemůže. Ne proto, že by byl slabý, ale proto, že s ní má dohodu, a ta je pro něho také zákonem. Celý štáb zajímalo proč byla Tessa s Justinem. Potřebovala jakousi kotvu a Justin ji držel v normálu; vždy se dokázal ovládat a ona byla vášnivá. Scenárista Jeffrey Caine poznamenal: "Ralfovi s Rachel jsem naprosto uvěřil vášeň i něžnost vztahu Tessy a Justina."

Postava Tessy Quayle vychází ze skutečného života. John le Carré byl inspirován vášnivou aktivistkou a neúnavnou charitativní pracovnicí jménem Yvette Pierpaoli. Snímek jí byl věnován a John ji popisuje slovy "žila a zemřela v zatracení". Yvette Pierpaoli zemřela v roce 1999 ve věku 60ti let, spolu se dvěma dalšími kolegy a řidičem během autonehody v Albánii. Tehdy byla Yvette členkou Refugees International (společnost pro uprchlíky), což bylo součástí jejího celoživotního závazku pomáhat jiným lidem. Toto povolání si zvolila již v devatenácti letech, kdy opustila rodnou Francii. Carré se s ní setkal v polovině sedmdesátých let. Již během jejich prvního setkání si Carrého získala.

Carré vzpomíná:
Vše, co dělala, mělo důvod. A ten důvod, jak jste hned zjistili, byl naprosto neobchodovatelný. Potřeba získat jídlo a peníze pro hladovějící, léky pro nemocné, úkryt pro lidi bez domova, dokumenty pro lidi bez státní příslušnosti... Zvolila si snad tu nejsvětější, silnou, seriózní, praktickou cestu, kterou si můžete představit. Vykonávat zázraky... A ačkoli je Tessa věkem, povoláním i národností odlišná od Yvette, jsou její závazky k chudé Africe, zejména k jejím ženám, její opovržení nad protokoly a její neochvějná, často šílená rozhodnutí k její cestě, vybrané naprosto vědomě. Vychází z Yvettina příkladu.
-- "The Constant Muse," The Observer, 25. února 2001.

Když roku 2000 četl britský filmař Simon Channing Williams zkušební výtisk Johna le Carrého Nepohodlný, napsal dopis autorovu právnímu zástupci, Michaeli Rudellovi. V dopise žádal o producentská práva potřebná k natočení románu. Když Rudell odpověděl a navrhl setkání, Channing Williams se nabídl, že ještě téhož večera odletí z Londýna do New Yorku. Producent vysvětluje, "chtěl jsem prokázat, že se skutečně chystám vytvořit ten film, protože si myslím, že kniha je opravdu mimořádná. Zaobírá se lakotou velkoobchodu, zneužívání afrických národů, státní korupcí, a to vše je zasazené ve zcela přesvědčivém nepřekonatelně milém příběhu. Je to tak upřímná, zanícená a smutná kniha a já věřím, že zůstane významná pro mnoho, mnoho budoucích let." Jak film získával podobu, dostal scenárista a spisovatel Jeffrey Caine na adaptaci románu práci, kterou nazývá "profesní výzvou". Caine komentuje: "Jsem dlouholetý obdivovatel vždy citlivého psaní Johna le Carrého, ale filmy natočené podle jeho románů byly zřídka udělané správně. Nepohodlný mi připadal, že by mohl být v budoucnu silným filmem. Emoční, osobitý, milý příběh spjatý s aktuálním politickým tématem a nejistým uspořádáním. Podle mě byl srdcem příběhů vždy lidský příběh Justina a Tessy; politicky neutrálního muže objevujícího opravdovou povahu ženy, kterou miloval, teprve po její smrti a odhodlaného pokračovat v její práci. Muže, kteřý je manželce blíž teprve, když ona zemře." Po dokončení castingu a veškerých příprav, probíhajících na přelomu roku 2004 a 2005, se začalo v květnu konečně natáčet. Natáčení probíhalo na mnoha místech Berlína a Londýna. Na začátku června se štáb přesunul do Keni, kde se příští dva měsíce natáčelo převážně v Nairobi, ale i v dalších částech země. Což bylo možné teprve po úspěšném jednání producenta Simona Channinga Williamse s vládou.

Úplně první scény z Nairobi se natáčely v příměstské restauraci Lord Errol, která nese jméno notorického sukničkáře, o němž byl film s názvem White Mischief (režie Michael Radford, 1987) natáčený také v Keni. Další scény se natáčely například v nemocnici Pumwani, márnici Nairobi City, nemocničních archivech Kenyatta, leteckém hangáru Wilson Airport, na golfovém hřišti v Karenu... Štáb musel zpravidla nejprve jednat s vůdci každé komunity, a ti pak vysvětlili ostatním, proč tam filmaři jsou a jak jim to může být prospěšné. V různých oblastech zaměstnali okolo 2000 místních obyvatel, pro které to byl obrovský zážitek. Díky podpoře Vysokého komisaře Edwarda Claye a vládních úředníků, měli herci možnost setkat se s lidmi z Vysokého komisařství, navštívit jejich domy, aby si dokázali představit, jak žijí a navíc poobědvali s diplomaty pracujícími v Keni. Keňská vláda byla k filmařům pozoruhodně ochotná. Raphael Tuju, ministr informací a komunikace řekl: „Nepohodlný je ke Keni velice kritický. Je nepochopitelné, že ministerstvo natočení tohoto filmu povolilo a podpořilo. Jsem si ale jistý, že kdybychom tento projekt nepodpořili, byl by snímek natočen jinde...“